§ 154. Запятыми выделяются слова и группы слов, ограничивающие или уточняющие смысл предыдущих или следующих за ними слов и присоединяемые к ним непосредственно или посредством слов: в том числе, включая, исключая, за исключением, кроме, именно, по имени  (по фамилии и т. п.), то есть, или  (в значении «то есть»), иначе, иначе говоря, например, как например, скажем, как-то, 

...§ 154. Запятыми выделяются слова и группы...

...VIII. Запятые при словах и группах слов, ограничивающих...

§ 158. Запятая ставится после слов да, конечно и т. п., обозначающих утверждение, после нет, обозначающего отрицание, после как же, что же, обозначающих подтверждение, согласие и т. п., после что, обозначающего вопрос, если эти слова тесно связаны с непосредственно следующим за ними предложением, раскрывающим их конкретный смысл, например: Да, я тот несчастный, которого ваш отец лишил куска хлеба, выгнал из отеческого дома и послал грабить на больших дорогах.

...§ 158. Запятая ставится после слов да...

...XII. Запятые после утвердительных, отрицательных и...